بررسی برهم کنش اکتینومایسین d با dna چهاررشته ای غنی از گوانین توسط روشهای آزمایشگاهی و مدلسازی مولکولی

ژن c-myc نقش مهمی در تنظیم رشد و تکثیر سلولی ایفا می کند و بیان بیش از حد این ژن در گستره وسیعی از سرطان های انسانی دیده شده است. حدود 90% رونویسی ژن c-myc از طریق یک توالی 27 نوکلئوتیدی غنی از گوانین بسیار حساس به نوکلئاز بنام nuclease-hypersensitive element iii (nhe iii) کنترل می شود که این توالی قادر به تشکیل ساختار g-quadruplex تحت شرایط فیزیولوژیک است. بنابراین dna ژن c-myc یک هدف مناسب برای طراحی دارو به خصوص برای شیمی درمانی سرطان محسوب می شود. در این مطالعه، میان کنش اکتینومایسین d(actd) با ساختار چهار رشته ای با روش دینامیک مولکولی مطالعه شده است. همچنین بر هم کنش این دارو با رشته 27 نوکلئوتیدی غنی از گوانین (g/c-myc) و مخلوط این توالی با توالی مکمل خود با غلظت مولی یکسان (gc/c-myc) بعلاوه الیگونوکلئوتید غنی از سیتوزین مکمل این توالی (c/c-myc) با روش های طیف سنجی بررسی شده است. نتایج دینامیک مولکولی نشان داد که اتصال actd به چهاررشته ای از نوع انباشتگی روی بخش های انتهایی است و همچنین actd شعاع ژیراسیون ساختار چهاررشته ای را افزایش داده است. نتایج حاصل از مطالعات دورنگ نمایی دورانی برای الیگونوکلئوتیدهای غنی از گوانین و سیتوزین در غلظت 150 میلی مولار kcl و 2/7 ph طیف هایی مطابق با طیف dna چهاررشته ای موازی برای g/c-myc و i-motif برای c/c-myc نشان داد. همچنین طیف دورنگ نمایی دورانی نشان داد ساختار غالب gc/c-myc در حضور یون k+ دو رشته ای است. بر اساس طیف های دورنگ نمایی دورانی مشخص شد که actd باعث تغییر نوع ساختار dna نشده و صرفاً فشردگی ساختار آن را تغییر می دهد. مطالعات طیف بینی فلورسانس نشان داد که نشر actd بعد از اضافه شدن سه نوع dna افزایش پیدا می کند که مبین وارد شدن actd به نقاط غیر قطبی می باشد. بر طبق طیف بینی جذبی نتیجه گرفته شد که احتمالاً نحوه اتصال غالب کمپلکس بهdna اتصال خارجی و انباشتگی روی بخش های انتهایی است.